Чтобы окончательно утвердиться у власти, царица велела всюду распространять следующую легенду. Якобы сам бог Амон ночью спустился с небес и, приняв облик Тутмоса I, вошёл в покои её матери. Познав бога, царица родила дочь.

Хатшепсут называла себя божественной и добивалась, чтобы жрецы признали её таковой. С египетскими жрецами у мудрой владычицы сложились довольно дружеские отношения: жрецы словно не замечали, что год за годом на престоле Египта, вопреки всем законам, оставалась единственная повелительница страны — женщина-фараон.

Годы правления Хатшепсут отмечены расцветом страны. Были возведены огромные храмы и иные постройки, укреплялся военный флот, развивалась торговля с другими государствами. Почти не было войн, так как мудрая женщина предпочитала решать все вопросы миром и ей это вполне удавалось. На девятом году своего правления она отправилась с дипломатической миссией в страну Пунт (где эта страна находилась, до сих пор остаётся загадкой, однако многие исследователи считают, что, вероятнее всего, на территории современного Сомали, по другой версии — в Палестине), а после возвращения решила возвести огромный храм, на стенах которого были бы запечатлены сцены из её путешествия в далёкие земли, и тем самым увековечить в истории собственное имя.

Храм, руины которого находятся сейчас в Дейр-эль-Бахри, царица назвала «священным из священнейших» и построила его «из любви к отцу своему Амону».

«Руководителем всех работ» был назначен любовник царицы, придворный архитектор Сененмут, который за пятнадцать лет возвёл у подножия высокой скалы погребальный храм. Он сделал его с такой любовью, что восхищённая работой любовника царица назвала сооружение «маленьким Пунтом». Храм был расположен на западном берегу Нила, в месте, которое считалось священным: сюда приходили люди в надежде излечиться от болезней и обрести успокоение.

Царица столь приблизила к себе Сененмута, что тот получил возможность вмешиваться в важные политические дела государства.